La base académica fundamental de un instituto universitario, conjuntamente con una capacidad docente de excelencia, queda conformada por su facultad de generar investigación puntera. El estudio e investigación de la paz, la seguridad, la defensa y los asuntos militares suponen una continua evolución y renovación de conceptos, significados y demandas de eficacia, en la búsqueda de explicar un fenómeno latente a lo largo de la Historia de la humanidad: la guerra o, si se quiere, la búsqueda de la paz. Ello exige que la investigación sobre seguridad y defensa deba realizarse necesariamente dentro de la interdisciplinaridad, caracterizándose por la confluencia de las más diversas disciplinas científicas y sociales: Ciencia Política, Sociología, Economía, Historia, Psicología. Geografía, Derecho Internacional, Antropología, Filosofía, Estadística, Jurisprudencia, Demografía, etc. Para ello se requiere la constitución de una estructura universitaria que sirva para lograr la integración de todas las visiones parciales de los problemas y que manifieste la múltiple dimensión del fenómeno que los genera. Desde el Instituto Gutiérrez Mellado se pretende contribuir de una manera decisiva a la investigación en los campos de estudio de la paz, la seguridad y la defensa, que tradicionalmente habían recibido en nuestro país escasa atención hasta hace poco tiempo.
Con este fin, además de los programas de investigación que el mismo realiza, convoca anualmente tres tipos de ayudas a la investigación:
La selección se realiza por la Dirección del Instituto, previo informe de la Agencia de Evaluación y Prospectiva. Tanto los Proyectos como los Acuerdos de Investigación deben estar dirigidos por un profesor universitario con el grado de doctor, pudiendo contar además con otros investigadores. Dentro de cada Proyecto o Acuerdo se pueden organizar visitas, seminarios o jornadas relacionados con el tema de la investigación.